Указом Президента України «Про відзначення державними нагородами України з нагоди 25-ї річниці незалежності України» від 22 серпня 2016 року №338/2016 за значний особистий внесок у державне будівництво, соціально-економічний, науково-технічний, культурно-освітній розвиток України, вагомі трудові здобутки та високий професіоналізм директора Національного наукового центру «Інститут аграрної економіки», академіка НААН Юрія Лупенка нагороджено орденом «За заслуги» ІІІ ступеня.